Первый сценарий ( «В каждом из нас», 1960) Юрий Ильенко написал еще студентом. Речь шла в нем о похоронах Сталина. Но когда он показал его сценарно-редакционной коллегии киностудии им. М. Горького, там посоветовали никому больше его не показывать. В следующем году в соавторстве с Павлом Финном написал «Стрелок из лука», который приняли к постановке на Ялтинской киностудии, но до реализации дело не дошло.

1965 года, уже в Киеве, написал два близких по духу сценария: «Красный Конь, Рыжий Кот и Белый Бычок» и «Вечер накануне Ивана Купала». Первый был отклонен решением Госкино УССР, вторым стал одноименным фильмом. Затем в сотрудничестве с Иваном Миколайчуком появились два сценария: «Белая птица с черной отметиной» и «На поклоны». Cценарий «Маленькая порция яда» по К. Паустовским (совместно с Евгением Хринюка), который предназначался для Артура Войтецкого. Его запретила сценарно-редакционная коллегия Госкино СССР уже после запуска в производство.

В период застоя литературная работа не прекращалась, но большинство его сценариев ставить не позволили: власть ему не доверяла. 1974 года, к 80-летию Александра Довженко, Ильенко пишет пьесу «Тот, кто слышал льва». Начинаются репетиции в театре киноактера, но премьеры не состоялось — театр на время закрыли. 1975 печальная участь постигла и сценарий «Ненасытец» ( «Гетман Мазепа») — его запретил секретарь по идеологии ЦК КПУ Маланчук. И только 1978 дела с продвижением сценариев наконец сдвинулись. По повести Олеся Гончара «Бригантина» вместе с ее автором Ильенко написал сценарий фильма «Полоса нескошенных диких цветов».

С 1980 года работа — сценарная, режиссерская, операторская — активизируется. С тех пор Ильенко пишет сценарии для себя сам: «Лесная песня. Нимфа »по произведению Леси Украинский,« Соломенные колокола »по рассказам Евгения Гуцало. Тогда же наладилось сотрудничество с Киевским театром оперы и балета им. Т. Шевченко — именно для него он создал два либретто: балет «Ольга» (музыка Евгения Станковича, балетмейстер Анатолий Шекера, поставлена и в Праге), и либретто «Агония» (те же композитор и постановщик воплотили под названием «Прометей», была постановка и в Белграде). 1981 года было написано либретто мюзикла «Страшная месть» по повести Николая Гоголя (композитор Евгений Станкович) и одновременно — одноименный сценарий, который был запрещен сценарно-редакционной коллегией УССР. Как видим, за двадцать лет было запрещено неало сценариев.