Наконец наступает творческая свобода, появляются новые планы и идеи. В 1988 — 1989 годах Ильенко посещает Тбилиси, и в результате общения с Сергеем Параджановым родились общие сценарии — «Лебединое озеро. Зона »и« Фрески о полку Игореве »(экранизировать древнеукраинских эпос Параджанов мечтал давно, но в Украине после заключения ему не только ставить, но и жить не разрешили, когда же возможность появилась, он уже был тяжело болен). Забегая вперед, следует сказать, что их общение оставило ощутимый след в сценарии «АГН», где героиня то и дело вспоминает Параджанова.

С начала 90-х в Украине резко упадок кинопроизводство, государство за экономического кризиса устраняется от поддержки кино, инвесторы, опять-таки из-за кризиса и правовой беспорядок, его также не поддерживают. По этой причине в Ильенко ставить фильмы возможности не было. В течение этого десятилетия он преподавал, готовя режиссеров, написал два сценария и теоретический труд «Парадигма кино». 1993 завершил работу над масштабным сценарием «АГН» (Хроника второго пришествия Христа). В марте 1997 года написал сценарий «Молитва за гетмана Мазепу», по которым поставил фильм. В 2005 году — книгу воспоминаний «Докладная апостолу Петру».

Возвращаясь к истокам, заметим: его выбором в пользу высокой литературы стала повесть Михаила Коцюбинского «Тени забытых предков». Переехав в Киев, Ильенко вошел в украинскую культуру. Ему импонировала Драчева поэзия, из которой вырисовывалась философия слияния с природой, преданность земле, связь с национальной стихией (юмор, тяга к фольклорных реминисценций). Именно поэтому Ильенко и выбрал для дебюта его «Колодец для жаждущих». Но он четко видит, что в этом произведении его не устраивает. «В сценарном записи я увидел много персонажей, подробно определены отношения между ними, глубокое знание быта, точность языковых характеристик — все это в рамках традиционного, описательного, психологического кино. Черты притчи нес в себе заостренный сюжет, что придавало этому материалу едва ощутимый вычурности. (...) Начиная работать над картиной, не предполагал я, во что оно выльется. Я просто искал средства воплотить идею, моральную коллизию, и мне нужны были емкие пластические образы. Побутопис — даже на высоком уровне — мне не отвечал. В нем терялся мой темперамент, желание обнажить мысль до очевидности, до знака, до удара — раскрыть движения страждущего духа »[1].

Именно в атмосфере творческого подъема и подвижничества мог появиться сценарий «Вечер накануне Ивана Купала». К этой работе Юрий Ильенко отнесся очень серьезно, глубоко исследовал все творчество Гоголя, проработал литературу о нем. У »послесловии к фильму» он утверждает, что «ни один оригинальный сценарий не ставил перед кинематографом таких сложных задач, которые возникают, когда берешься за экранизацию классики» [2]. Зритель, по мнению Юрия Ильенко, не заинтересован в фильме-иллюстрации: единственное, что может быть интересным для зрителя, это представление и впечатления режиссера от встречи с классическим произведением литературы. В этой же статье в полемическом пылу (тогда «гуляла» мнение о том, что главным в кино является драматург) он подвергает сомнению существование такого литературного жанра, как кинодраматургия, считает, что это скорее промежуточная форма фильма в процессе кинопроизводства. «Сценарий — это даже не эскиз фильма. Представление о будущей кинокартину могут дать только режиссерские пробы »(там же).